Цитата (GoodWin)
игра с обновлениями, чтобы файлы просто обновить и всё, а не качать новую игру
Даже в масштабах игр класса А никто не может позволить себе такого извращения. Во-первых это жутко неудобно, а во-вторых, рано или поздно, все равно придется обновить и сам exe'шник.
Потому, обычно делается отдельный лаунчер, который обновляет не только отдельные ресурсы, но и exe файл. Яркий пример тому - Minecraft. Там есть jar файл с самой игрой и лаунчер, который обновляет этот файл и, собственно, запускает его при помощи Java технологий.
Советую тебе поступить также. А, чтобы не нагружать игрока лишними мегабайтами, сохранять особо массивные графические и звуковые ресурсы отдельно.